本片讲述了两名看似寻常，实则拥有秘密身份的青少年的冒险故事。他们日常的身份是学生——马丽娜和艾俊，但当危险迫近他们心爱的光之城——巴黎的时候，他们就会变身成超级英雄奇迹少女和黑猫罗尔。他们能否在每一次危机中战胜未知的敌人，保护好这座美丽的城市呢？

马丽娜和艾俊迎来了新同学：一位叫加贺美的女生和一位叫卢凯的男生。新朋友的到来，让马丽娜和艾俊的友情面临新的挑战。与众不同的加贺美总是能吸引艾俊的目光，这让崇拜艾俊的马丽娜心中警铃大作。卢凯才华横溢，亲切又体贴，给马丽娜留下了深刻的印象。马丽娜还认识了米可幻奇的守护者付大师，了解到其他米可幻奇的存在。遇到一些困难的任务时，她将亲自挑选信任的朋友，把米可幻奇交给他们。朋友们会变身为超级英雄，和奇迹少女、黑猫罗尔一起对抗被黑化的反派。在这个过程中。奇迹少女发现黑魔蝶为了打败她和黑猫罗尔，制定了一个邪恶计划。在新加入的超级英雄的协助下，奇迹少女和黑猫罗尔能否成功阻止黑魔王的邪恶计划呢？

马丽娜又有了新的使命！现在她不仅是保护巴黎的超级女英雄-奇迹少女，而且还是米可幻奇的新守护者！为了保护好自己的秘密身份，并且保护魔法精灵们的安全，马丽娜还要刻意避开好友阿雅和卢凯，因此造成了不少的误会，承受着很大的压力。重要的责任让马丽娜自顾不暇，与艾俊也疏远了不少。与此同时，新的危机悄然而至，为了应对同时拥有蝴蝶及孔雀米可幻奇的影魔蝶，马丽娜需要付出双倍的努力来隐藏自己的秘密，奇迹少女需要变得更强大！奇迹少女、黑猫罗尔以及他们的伙伴们将组成新的英雄联盟，继续他们的使命，保卫这座他们热爱的城市！

随着时间的流逝，马丽娜和艾俊终于成为了亲密无间的好朋友。与此同时，凌拉又重新回到学校。新登场的敌人——兰雀于苒，能够给被黑化者召唤同伴，为其增援。这一次，马丽娜和艾俊还能顺利守住身份秘密，继续他们的英雄冒险吗？

守护者马丽娜失去了奇迹宝盒以及宝盒里的精灵。如今她只剩下奇迹米可幻奇，艾俊也只剩下自己的黑猫米可幻奇。马丽娜十分自责，对自己守护者的身份和能力产生了质疑。没有了宝盒中的其它米可幻奇，超级英雄小分队再也无法一并作战，而他们的敌人却变得更加强大。影魔蝶如今称呼自己为魔煞，拿到奇迹宝盒的他与最终的胜利咫尺之遥。在掠夺过来的米可幻奇超能力的加持下，魔煞的战斗力有了极大的提升。他还打造了全民“联盟”戒指计划，企图通过这个智能设备获取奇迹少女和黑猫罗尔的蛛丝马迹。魔煞把米可幻奇能量赋予被他黑化的人，制造出更强大的超能反派。

来自地球的花仙魔法使者夏安安（CV:醋醋）跟随傲娇小王子库库鲁（CV:冯骏骅）肩负使命来到了世界海的尽头，传说中的花之国度——拉贝尔大陆，试图解除黑暗魔神侵袭的危机。不料与此同时，宿敌迷之王子塔巴斯（CV:谢天添)回到了邪恶女神的身边，抢走了夏安安辛苦集齐的所有花仙精灵王，并把安安最要好的三位同学黑化成了暗黑魔女。曾经的美好都已化为邪恶，曾经的朋友成为敌人！灾难面前，似乎一切都毫无胜算！那么这场冒险之旅凶吉几何，地球家园又将由谁来拯救？古灵仙族、勇气古堡、风沙王国，一幕幕美丽画卷逐渐打开；西蒙（CV:黑石稔）爱德文（CV:沈达威）、曼陀罗王子（CV:夏磊），一系列知名角色悉数登场，正邪大战一触即发，纯粹之心能否经得住黑暗魔神的考验？花之国度的灾难能否就此终结？

本片讲述了两名看似寻常，实则拥有秘密身份的青少年的冒险故事。他们日常的身份是学生——马丽娜和艾俊，但当危险迫近他们心爱的光之城——巴黎的时候，他们就会变身成超级英雄奇迹少女和黑猫罗尔。他们能否在每一次危机中战胜未知的敌人，保护好这座美丽的城市呢？